Grant Projects (ongoing in the year 2010)
View ongoing grants in the year: 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025, 2026, 2027, 2028.
Quality of life measurement and its influence to overall survival in hematopoietic stem cell transplantation in CZ
IGA MZd NT 11299 [2010 – 2015]
prof. MUDr. Marek Trněný, CSc.
doc. MUDr. Veronika Válková, CSc.
The co-recipient from the transplant center of Institute of Hematology and Blood Transfusion is responsible for anonymous data of patients after autologous and allogeneic hematopoietic stem cells transplant to the database of EBMT (The European Group for Blood and Marrow Transplantation). This data will be used for characterization of the particular diagnostic groups within the project frame. The main aim of the presenting grant project is to analyze the quality of life (QOL) of the transplanted patients using standardized QOL surveys. The co-recipient´s team consists from a physician and datamanager, who will be responsible for the data collecting using the QOL surveys and their subsequent processing to the Principal investigators team. The main benefit is an expansion of the co-investigators view to the psycho-social perspective of the patients.
DNA fingerprinting u chronické myeloidní leukémie
IGA MZd NT 11555 [2010 – 2014]
doc. Mgr. Kateřina Machová Poláková, Ph.D.
Pomocí AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) vytvoříme unikátní DNA a DNA methylační fingerprinty pacientů s CML v různých fázích onemocnění s různou odpovědí na léčbu a pomocí shlukové analýzy a analýzy hlavních komponent rozdělíme pacienty se společnými znaky do skupin na genetickém a epigenetickém základě a zhodnotíme míru korelace takového rozdělení se známými sledovanými znaky pacientů, na základě kterých jsou pacienti v současné době hodnoceni pro prognózu a odpověď na léčbu. AFLP profilování umožní vytipovat nové cílové oblasti v DNA pro vývoj nových diagnostických markerů CML. V rámci projektu budeme klinicky validovat analýzy (detekce mutací v kinázové doméně BCR-ABL pomocí preskríningové metody HRM, genová exprese WT1 a jeho isoforem, stupeň fosforylace významných proteinů), které byly úspěšně vyvinuty v rámci našeho projektu IGA MZ ČR NR/8758-3 (2006-2008) “Časné markery rezistence k imatinibu při léčbě chronické myeloidní leukemie“.
Molekulární fenotypizace minimálního poškození transplantované ledviny a její prognostický význam
IGA MZd NT 11227 [2010 – 2014]
Prof. MUDr. Viklický Ondřej, CSc., Institut klinické a experimentální medicíny – Praha
Prof. MUDr. Radim Brdička, DrSc.
V tomto projektu bude ve 40 vzorcích biopsií štěpů od pacientů po Tx ledviny stanoven celogenomový expresní profil pomocí microarray techniky. Biopsie budou vybrány na základě histopatologického nálezu a stavu funkce štěpu v 1. a 2. roce a po transplantaci (9 s normálním nálezem a zhoršenou fcí + 9 s normálním nálezem a stabilní fcí, 6 s nálezem hraničních změn a zhoršenou fcí + 6 s nálezem hraničních změn a stabilní fcí v protokolární biopsii a 5 s nálezem hraničních změn a zhoršenou fcí + 5 s nálezem hraničních změn a stabilní fcí v časné biopsii do třetího měsíce po Tx). Na základě vyhodnocení dat z microarray bude vybrán set genů pro jednotlivé skupinu determinující. Schopnost predikce osudu transplantované ledviny pomocí námi vybraného setu genů bude ověřena pomocí metody RT-qPCR na „validační skupině“ 80 biopsií štěpů rozděleném ve stejném poměru jako skupiny pro analýzu pomocí microarray techniky.
Studium nového lidského polyomaviru objeveného v karcinomech Merkelových buněk
GAP304/10/1511 [2010 – 2014]
RNDr. Noemi Čeřovská, CSc.
RNDr. Michal Šmahel, Ph.D.
Nový lidský polyomavirus, označený jako MCPyV, byl nedávno objeven v karcinomu z Merkelových buněk. Vysoká četnost výskytu a způsob integrace virové DNA v karcinomu z Merkelových buněk ukazuje že MCPyV může hrát zásadní roli při jeho vzniku. Předkládaný projekt je zacílen na získání znalostí o biologických vlastnostech MCPyV a jeho prevalenci v České republice. Studie zahrnuje konstrukce vektorů pro produkci jednotlivých virových proteinů v hmyzích a savčích buňkách a přípravu specifických protilátek. Budou studovány vlastnosti virových proteinů, interakce s buněčnými strukturami a funkce. Z hmyzích buněk produkujících proteiny kapsidy budou připraveny pseudokapsidy (VLPs) a použity jako antigen k testování protilátek proti polyomaviru MCPyV u imunokompetentních a imunosuprimovaných jedinců z České republiky. V DNA izolované ze vzorků karcinomu z Merkelových buněk bude zjišťována přítomnost DNA viru MCPyV.
Vývoj vakcín namířených proti znakům nádorových kmenových buněk
IGA MZd NT 11541 [2010 – 2013]
RNDr. Michal Šmahel, Ph.D.
Vývoj DNA vakcín proti transkripčním faktorům SOX2 a NANOG, které jsou nezbytné pro sebeobnovu nádorových kmenových buněk u různých typů lidských nádorů. Zvýšení imunogennosti těchto vakcín přidáním buněčných lokalizačních signálů a sekvencí z genu tetanového toxinu kódujících silné pomocné epitopy. Analýza vlivu xenogenních genů na imunogennost vakcín. Snížení potenciální onkogennosti SOX2 a NANOG mutagenezí jaderných lokalizačních signálů a odstraněním jejich iniciačních kodonů u fúzních genů. Protinádorový účinek připravených DNA vakcín bude testován na myších nádorových modelech s použitím buněčných linií embryonálních karcinomů.
Development of a Novel Recombinogenic Technique for Chloroplast Transformation and its Use for Production of human papillomavirus E7 Protein in Plants
IAA500960903 [2009 – 2012]
Doc. RNDr. Josef Vlasák, CSc., Biologické centrum AV ČR, v.v.i.
RNDr. Viera Ludvíková
Our aim is to develop more efficient method for plant chloroplast transformation using biolistic bombardment with linear DNA vectors together with chloroplast cassettes expressing bacteriophage lambda Red proteins. The idea stems from experiments with targeted insertion mutagenesis in yeast, cyanobacteria, and E. coli, where DNA ends promote recombination, and lambda Red proteins Exo, Beta, and Gam are very efficient in short recombinogenic ends protection and processing. Linear vectors can be generated conveniently as PCR products with synthetic primer ends that are homologous to sequence targets in the chloroplast genome. Chloroplast vectors will carry marker genes and also human papillomavirus oncogene E7 in the form of highly immunogenic but nononcogenic fusion E7GGG/GUS. It is our goal to obtain transplastomic plants producing this antigen with potential use as therapeutic vaccine. Viral antigens produced in plants will be assayed with antibodies and tested in mice.
Study of the novel human polyomavirus (MCPyV) discovered in Merkel cell carcinomas.
GA ČR P304/10/1511 [2010 – 2012]
Doc. RNDr. Jitka Forstová, CSc., Přírodovědecká fakulta UK
Mgr. Vojtěch Šroller, Ph.D.
A new human polyomavirus, Merkel cell polyomavirus (MCPyV), has been recently discovered in cells of the Merkel cell carcinomas (MCC). High frequency of detection and integration pattern of viral DNA in MCC indicates that MCPyV may play causative role in MCC development. The project is aimed to acquire knowledge of biological properties of MCPyV and its prevalence in Czech Republic. The studies will include construction of expression vectors for production of individual viral proteins in insect and mammalian cells and preparation of virus-specific antibodies. Properties, interactions in cells and functions of individual MCPyV proteins will be studied. Virus-like particles (VLPs) will be isolated from insect cells infected by recombinant baculoviruses and used as an antigen for study of MCPyV seroprevalence in immunocompetent and immunocompromised individuals from Czech Republic. DNA isolated from Czech MCC samples will be used for detection of the presence of MCPyV DNA.
Application of DNA methylation arrays for assessment of aberrantly methylated genes in MDS and AML patients
MŠMT OC 10042 [2010 – 2012]
RNDr. Cedrik Haškovec, CSc.
Hematological malignancies, such as other malignancies, have specific epigenetic alterations of tumor suppressor genes, genes involved in differentiation, apoptosis, metastasis etc. The alterations of gene promoter methylation lead to uncontrolled proliferation of leukemic cells and malignant transformation. The DNA methylation changes can be used to detect leukemic cells in peripheral blood. We will examine the DNA methylation status of a wide spectrum of genes by the use of DNA methylation PCR arrayswhich allows us to observe multiple changes in gene methylation profile. These arrays are convenient for a more detail insight of epigenetic modifications occurring during the malignant transformation of myelodysplastic syndromes (MDS) and acute myeloidleukemia (AML). We will choose the panel of the most promising genes based on our previous results from cultivation with demethylating agents such as Decitabine and on recently published data from genome-wide methylation studies. We will assess the
Typově specifická prevalence HPV ve screeningové populaci žen
IGA MZd NS10/656-3/2009 [2009 – 2011]
RNDr. Ruth Tachezy, Ph.D.
Zjištění věkově závislé prevalence HPV ve stěru z děložního hrdla v populaci žen v ČR, které se účastní preventivních gynekologických vyšetření (oportunního screeningu), zjištění rozložení typů HPV v této skupině žen a porovnaní HPV nálezů ve skupině žen bez klinického nálezu a žen se suspektním nebo patologickým nálezem na děložním hrdle, rekrutujících se z této screeningové populace. Porovnat běžně používanou metodu detekce vysoko-rizikových (HR) typů HPV a vysoce specifickou a citlivou metodu detekce a typizace HPV z hlediska detekce spektra HR HPV vyskytujících se v české populaci.