Grantové projekty (probíhající v roce 2013)
Zobrazit granty probíhající v roce: 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025, 2026, 2027, 2028.
Kvalita života a její vliv na celkové přežití nemocných po transplantaci krvetvorných buněk v ČR
IGA MZd NT 11299 [2010 – 2015]
prof. MUDr. Marek Trněný, CSc.
doc. MUDr. Veronika Válková, CSc.
Cílem našeho projektu je: popsat kvalitu života transplantovaných nemocných pomocí standardizovaných dotazníků QOL a navrhnout opatření. Bude provedena: 1. retrospektivní analýza se zaměřením na korelaci kvality života a celkového přežití dle jednotlivých diagnóz u pacientů s delším časovým odstupem po transplantaci (déle než tři roky) při srovnání rozdílů v jednotlivých letech. 2. prospektivní analýza, která bude mapovat podrobně především časné období po transplantaci do jednoho roku. Výsledky budou hodnoceny v závislosti na typu onemocnění, stavu choroby při transplantaci, věku a pohlaví nemocného, na typu transplantačního režimu a na typu dárce. 3. Na podkladě těchto sledování bude vytvořen návrh na podpůrný psychosociální program pro jednotlivá pracoviště, tak aby se sledování QOL stalo součástí běžné zdravotnické praxe, a na druhou stranu, aby jeho zhodnocení přinášelo efekt pro nemocného a zpětnou vazbu pro zdravotnický personál.
Více...Sekvenování nové generace jako nástroj personální medicíny u pacientů s myelodysplastickým syndromem a chronickou myeloidní leukémií
IGA MZd NT 13899-4 [2012 – 2015]
prof. MUDr. Jaroslav Čermák, CSc.
Sekvenování nové generace se stává stále rozšířenější technologií s obrovským potenciálem vyšetřování onkologických onemocnění. Předkládáný projekt využívá tuto technologii k detekci mutací v genech, které se zapojují do procesu metylace genomu (TET2, ASXL1, IDH1/2, TP53 a EZH2) u pacientů s myelodysplastickým syndromem (MDS). Budeme zjišťovat vztah mezi úspěšností demetylační léčby a mutačním stavem genů. Navíc budeme studovat souvislost mezi kvantitou mutace TP53 a efektem léčby u pacientů léčených lenalidomidem. Dále budeme zjišťovat prediktivní dopady ultracitlivé detekce mutací v kinázové doméně BCR-ABL s rozvojem rezistence na léčbu imatinibem, nilotinibem a dasatinibem u pacientů s chronickou myeloidní leukémií (CML). Zaměříme se také na asociace mezi polymorfismy v promotorových oblastech genů transportních přenašečů (ABC a SLC) a odpovědí na léčbu. Touto studií bychom chtěli modelově představit možnost využití molekulární high-technologie jako nástroje pro individualizaci terapie MDS a CML.
Více...Diagnostický a prognostický význam vybraných microRNA pro myelodysplastický syndrom
IGA MZd NT 13847-4 [2012 – 2015]
Ing. Michaela Dostálová Merkerová, Ph.D.
Předešlé analýzy genové exprese vedly k identifikaci několika miRNA (miR-34a, miR-224, miR-10a, miR-10b, miR-126, rodina miR-181, miRNA z tzv. “commonly deleted region”, klastr miRNA na 14q32, miR-29b), jejichž hladina se mění u pacientů s myelodysplastickým syndromem (MDS) v průběhu onemocnění či jeho léčby. Domníváme se, že tyto molekuly mohou být asociovány s vznikem či progresí onemocnění. Cílem navrhovaného projektu bude ověření využitelnosti těchto miRNA jako molekulárních markerů pro monitorování pacientů s MDS (metodou kvantifikace transkripce miRNA pomocí qRT-PCR) a dále jejich studium v in vitro systému.
Více...Ex vivo stimulace buněčné imunity pomocí mRNA u pacientů s vysokým rizikem onemocnění, způsobeného lidským cytomegalovirem (HCMV) po transplantaci hematopoetických kmenových buněk
IGA MZd NT 13898-4 [2012 – 2015]
Navrhujeme konstrukci mRNA vakcíny proti CMV, která bude sloužit ke stimulaci a namnožení T lymfocytů specifických pro hlavní protektivní virové antigeny a bude využitelná pro monitorování stavu imunity proti CMV u pacientů po transplantaci hematopoetických krevních buněk případně k expanzi T-buněk specifických pro CMV ex vivo pro terapeutické účely. Vakcína bude obsahovat antigen prezentující buňky do nichž se elektroporací vnese rekombinantní mRNA, kódující několik virových antigenů a imunostimulační molekuly usměrňující buněčnou imunitní odpověď k typu Th1. Budeme analyzovat odpověď dárců kmenových buněk, pacientů po HSCT včetně průběhu jejich hladiny DNA CMV, což povede k výběru virových antigenů, které přispívají k protektivitě alespoň u 70% osob bez ohledu na jejich HLA haplotyp. Nalezneme podmínky stimulace T lymfocytů touto vakcínou in vitro, což bude základem pro další vývoj léčivého přípravku v podmínkách správné laboratorní praxe.
Více...Využití centrozomálních proteinů pro prognostiku a vakcinoterapii chronické myeloidní leukemie
IGA MZd NT 13862-4 [2012 – 2015]
RNDr. Michal Šmahel, Ph.D.
Hledání prognostických ukazatelů u chronické myeloidní leukemie (CML) a vývoj DNA vakcín proti tomuto onemocnění založených na zvýšené produkci centrozomálních proteinů. Stanovení hladiny mRNA genů HMMR/RHAMM, AURKA a ESPL1 v krevních buňkách a protilátek proti příslušným proteinům v sérech pacientů s CML při diagnóze onemocnění a během následného monitoringu. Možnost využití získaných poznatků k optimalizaci léčby, která by mohla zahrnovat terapeutickou imunizaci. Vývoj DNA vakcín proti HMMR a AURKA, které by měly být účinné i proti kmenovým buňkám CML rezistentním k léčbě imatinibem. Zvýšení imunogennosti vakcín přidáním buněčných lokalizačních signálů a sekvencí z genu tetanového toxinu kódujících pomocné epitopy. Analýza vlivu xenogenních genů na imunogennost vakcín. Snížení potenciální onkogennosti HMMR a AURKA mutagenezí funkčních domén a odstraněním jejich iniciačních kodonů u fúzních genů. Stanovení imunitních reakcí vyvolaných vyvinutými protinádorovými DNA vakcínami na myších modelech.
Více...Studium patogeneze myelodysplastického syndromu u pacientů s izolovanou aberací del(5q) a analýza účinku lenalidomidu
IGA MZd NT 13836-4 [2012 – 2015]
Ing. Ota Fuchs, CSc.
MUDr. Anna Jonášová, M.D., dolezalova
Chceme přispět k objasnění mechanismu patogeneze 5q – syndromu studiem důležitých transkripčních faktorů, EKLF (“erythroid Krüppel-like factor“, označovaný také KLF1), Fli1 (“Friend leukemia integration 1“) a GATA1, které se kromě řady dalších faktorů podílejí na diferenciaci společné progenitorové buňky MEP (“megakaryocyte-erythroid progenitor“) do erytroidní nebo megakaryocytární řady. Expresi uvedených a dalších genů, potenciálně důležitých v tomto mechanismu, chceme zkoumat metodou kvantitativní TaqMan RT-PCR v reálném čase na pacientech MDS s 5q- syndromem ve srovnání s MDS o nízkém riziku a s normálním chromozomem 5 a se zdravými kontrolami na separovaných buňkách kostní dřeně a periferní krve. Naším druhým záměrem je přispět k objasnění mechanismu účinku účinné imunomodulační látky lenalidomidu u pacientů s 5q- syndromem ve srovnání s MDS o nízkém riziku a s normálním chromozomem 5. Budou analyzovány mutace EKLF, které mohou významně ovlivnit odpověď na lenalidomid.
Více...Predikace odpovědi na demetylační léčbu u pacientů s myelodysplastickým syndromem s využitím integrativní genomiky
IGA MZd NT 14377-3 [2013 – 2015]
RNDr. Monika Beličková, Ph.D.
Ing. Jiří Kléma, Ph.D.
Pacientům ze střední a vysoce rizikové skupiny myelodysplastického syndromu je podávána hypometylační léčba (především azacitidin), z které pacienti významně profitují. Pouze však polovina pacientů na léčbu pozitivně reaguje. S použitím RNA a DNA mikročipů chceme sestavit genový profil, který by predikoval úspěšnost demetylační léčby. Plánujeme vyšetřovat CD34+ progenitorové hematopoetické buňky pacientů před a v průběhu léčby azacitidinem. Vytvořit celogenomové expresní (mRNA i microRNA ) a DNA metylační profily pacientů, kteří reagují či nereagují na léčbu. Všechna zjištěná experimentální data vzájemně propojit a korelovat s odpovědí na demetylační léčbu. Při vyhodnocení chceme použít klasické statistické metody a také prediktivní klasifikátory vyjadřující kauzální vztah mezi měřenými příznaky a diagnózou. V této studii bychom chtěli využít moderní metody molekulární genetiky jako nástroje pro individualizaci léčby pacientů s MDS.
Více...Úloha exprese miRNA u nádorů hlavy a krku asociovaných a neasociovaných HPV
GA ČR P304/12/2244 [2012 – 2015]
RNDr. Ruth Tachezy, Ph.D.
MikroRNA (miRNA) se podílí na regulaci genové exprese. Geny pro miRNA se často nachází v oblastech genomu asociovaných se vznikem malignit či v místech častých zlomů, což naznačuje, že hrají důležitou roli při vzniku nádorových onemocnění. Studie ukázaly, že úroveň exprese některých miRNA se liší v nádorové a zdravé tkáni. Mimo to výsledky naznačují, že expresní profil miRNA je specifický rpo různé nádory. Studie zaměřené na miRNA u nádorů hlavy krku (HNC) potvrdily rozdílnou úroveň exprese miRNA v nádorové a nenádorové tkáni, jejich výsledky však nejsou jednoznačné. Jedním z hlavních důvodů je heterogenita studovaných souborů z hlediska anatomické lokalizace nádorů a etiologie jejich vzniku. Studium exprese miRNA v párovaném souboru na HPV závislých a nezávislých HNC umožní studovat rozdíly v expresi miRNA u nádorů různé etiologie. Srovnání miRNA expresních profilů z nádorové tkáně a z modelu izogeních klonů primárních lidských keratinocytů s neintegrovanou a integrovanou formou HPV může dále přinést výsledky objasňující pochody vedoucí ke vzniku nádorů různé etiologie.
Více...Optimalizace diagnosticko-terapeutického managementu kondylomat, prekanceróz a karcinomů vulvy
IGA MZd NT 13167-4 [2012 – 2015]
Doc. MUDr. Helena Robová, Ph.D., 2. LF UK Praha
RNDr. Ruth Tachezy, Ph.D.
Současné znalosti o patogenezi kondylomat, prekanceróz a karcinomů vulvy vedly k změně klasifikace prekanceróz. Projekt si klade za cíle vytvořit diagnosticko – terapeutické algoritmy pro jednotlivé jednotky, rozšířit znalosti o prediktivních faktorech. Projekt plánuje korelovat HPV profily lézí s histologickou charakteristikou, s důrazem na rozlišení morfologických znaků HPV pozitivních a HPV negativních. HPV profily budou korelovány s expresí imunohistochemických markerů, především pl6INK4a (p16). Dále bude vyhodnocen diagnostický přínos protilátek proti minichromosome maintenance protein 2 (MCM2), DNA topoisomeráze II alfa (TOP IIA), cyclinu E a ProExC (směs protilátek proti MCM2 a TOP IIA). Cílem je dosáhnout zvýšení specificity a senzitivity histopatologického vyšetření a tím nově optimalizovat diagnosticko–terapeutické algoritmy.
Více...DNA fingerprinting u chronické myeloidní leukémie
IGA MZd NT 11555 [2010 – 2014]
doc. Mgr. Kateřina Machová Poláková, Ph.D.
Pomocí AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) vytvoříme unikátní DNA a DNA methylační fingerprinty pacientů s CML v různých fázích onemocnění s různou odpovědí na léčbu a pomocí shlukové analýzy a analýzy hlavních komponent rozdělíme pacienty se společnými znaky do skupin na genetickém a epigenetickém základě a zhodnotíme míru korelace takového rozdělení se známými sledovanými znaky pacientů, na základě kterých jsou pacienti v současné době hodnoceni pro prognózu a odpověď na léčbu. AFLP profilování umožní vytipovat nové cílové oblasti v DNA pro vývoj nových diagnostických markerů CML. V rámci projektu budeme klinicky validovat analýzy (detekce mutací v kinázové doméně BCR-ABL pomocí preskríningové metody HRM, genová exprese WT1 a jeho isoforem, stupeň fosforylace významných proteinů), které byly úspěšně vyvinuty v rámci našeho projektu IGA MZ ČR NR/8758-3 (2006-2008) “Časné markery rezistence k imatinibu při léčbě chronické myeloidní leukemie“.
Více...Molekulární fenotypizace minimálního poškození transplantované ledviny a její prognostický význam
IGA MZd NT 11227 [2010 – 2014]
Prof. MUDr. Viklický Ondřej, CSc., Institut klinické a experimentální medicíny – Praha
Prof. MUDr. Radim Brdička, DrSc.
V tomto projektu bude ve 40 vzorcích biopsií štěpů od pacientů po Tx ledviny stanoven celogenomový expresní profil pomocí microarray techniky. Biopsie budou vybrány na základě histopatologického nálezu a stavu funkce štěpu v 1. a 2. roce a po transplantaci (9 s normálním nálezem a zhoršenou fcí + 9 s normálním nálezem a stabilní fcí, 6 s nálezem hraničních změn a zhoršenou fcí + 6 s nálezem hraničních změn a stabilní fcí v protokolární biopsii a 5 s nálezem hraničních změn a zhoršenou fcí + 5 s nálezem hraničních změn a stabilní fcí v časné biopsii do třetího měsíce po Tx). Na základě vyhodnocení dat z microarray bude vybrán set genů pro jednotlivé skupinu determinující. Schopnost predikce osudu transplantované ledviny pomocí námi vybraného setu genů bude ověřena pomocí metody RT-qPCR na „validační skupině“ 80 biopsií štěpů rozděleném ve stejném poměru jako skupiny pro analýzu pomocí microarray techniky.
Více...Studium heterogenity chronické myeloidní leukemie na úrovni profilů aktivních proteinů – využití v prognóze onemocnění
NT/12392 – 4 [2011 – 2014]
zackova
Projekt se bude zabývat studiem heterogenity CML vedoucí k různému průběhu onemocnění a různým odpovědím na léčbu. Zaměříme se na studium heterogenity na úrovni výkonných molekul buněčných procesů, tj. proteinů. Budeme sledovat rozdíly v profilech aktivních proteinů u pacientů s rozdílnou odpovědí na léčbu tyrozinkinázovými inhibitory. Budeme využívat nejmodernější techniku proteinových arrayí i další proteinové analýzy. Dále budeme sledovat vliv inhibitorů signálních drah na buněčné procesy. Cílem je nalezení prognostických markerů onemocnění v diagnóze i průběhu onemocnění, případně nových terapeutických cílů a výsledné zlepšení individuální léčby pacientů.
Více...Porovnání účinků autologního séra a séra pupečníkové krve po aplikaci pacientům s defekty na povrchu oka
NT 12376-4 [2011 – 2014]
MUDr. Ivan Fales
Mgr. Kateřina Jirsová, MUDr. Michalis Palos, prof. MUDr. Naďa Jirásková, PhD.
Projekt spočívá v porovnání účinků autologního séra očních kapek (AS-ok) a očních kapek ze séra z pupečníkové krve (PS-ok) po aplikaci pacientům s těžkými defekty na povrchu oka, především pacientům se syndromem suchého oka. Pacienti budou hodnoceni před a po ukončení tříměsíční aplikace AS-ok či PS-ok. Studie proběhne ve dvou kolech, tj. každý z pacientů bude léčen po dobu 3 měsíců AS-ok či PS-ok a po tříměsíční pauze PS-ok či AS-ok (pořadí přípravku bude náhodně vybráno). Hodnocení bude probíhat klinicky (běžná ambulantní vyšetření povrchu oka – Schirmerův test, vitálni barvení bengálskou červení a čas potřebný k roztržení slzného filmu), laboratorně (hodnocení vzorků získané otiskovou cytologií – denzita buněk epitelu a pohárkových buněk, přítomnost matrixmetaloproteinaz v slzách) a subjektivně pacienty (dotazníkový systém). Závěrem studie bude statisticky zhodnoceno, zda byla účinnější aplikace AS-ok či PS-ok. Zásadním přínosem pro zjištění efektivity léčby bude měření (hyper)osmolarity slz.
Více...Prohloubení znalostí o imunologie chronické myeloidní leukemie: předpoklad vývoje terapeutické vakcíny
NT12363 [2011 – 2014]
vonka
MUDr. Zuzana Humlová, Ph.D.
Určení vlivu chronické myeloidní leukemie (CML) na imunitní profil pacienta v závislosti na způsobu a výsledku léčby. Stanovení antigenního složení leukemických buněk odebraných před zahájením terapie a určení buněčné a humorální imunity proti těmto antigenům a korelace nálezů s klinickým obrazem. Vytvoření matematického modelu pro určení optimální doby pro podání budoucí protinádorové vakcíny. Studie by měla objasnit komplex problémů, které se týkají dosud neznámých aspektů interakce mezi nádorovými buňkami a imunitním systémem pacientů s CML. Tyto poznatky by měly dále pootevřít dveře pro vývoj vakcíny k terapii této nemoci a snad i dalších myeloidních malignit. Znalost imunitního stavu jednotlivých pacientů umožní personalizovat jiné terapeutické postupy a tak přispěje k optimalizaci léčby.
Více...Prevalence HPV infekcí ve vakcinované populaci žen ČR
NT12372 [2011 – 2014]
RNDr. Ruth Tachezy, Ph.D.
Sledování prevalence HPV typů ve vakcinované populaci žen ČR. Detekce předchozí, současné a persistující HPV infekce sliznice děložního hrdla – přítomnost HPV DNA ve stěru z děložního hrdla a typově specifických protilátek proti vakcinačním typům HPV. Sledování vlivu vakcinace na následnou infekci vakcinačními a příbuznými typy HPV a případný vznik atypií/lézí na děložním hrdle u žen, které byly infikovány vakcinačními typy HPV před aplikací vakcíny.
Více...Zjištění závažnosti infekce nově objevených DNA virů u zdravých a imunokompromitovaných pacientů
NT 13867-3 [2012 – 2014]
salakova
Během posledních let byla objevena řada nových malých DNA virů (lidské polyomaviry HPyV6, HPyV7, HPyV9, lidský bocavirus HBoV1, anelloviry TTMV a TTMDV). Přestože tyto viry nepatří do jedné skupiny, všechny se pravděpodobně vyskytují běžně v lidské populaci, způsobují celoživotní perzistentní infekci organismu. K reaktivaci s možnými patologickými následky pak může docházet především u imunokompromitovaných jedinců. V tomto projektu se zaměříme na detekci a sledování perzistence nově objevených DNA virů u zdravých a imunokompromitovaných jedinců. Cílem studie je zjistit virovou nálož, variabilitu genomů a přítomnost virově specifických protilátek. U imunokompromitivaných jedinců budeme analyzovat klinické projevy, které mohou souviset s virovou infekcí.
Více...Studium nového lidského polyomaviru objeveného v karcinomech Merkelových buněk
GAP304/10/1511 [2010 – 2014]
RNDr. Noemi Čeřovská, CSc.
RNDr. Michal Šmahel, Ph.D.
Nový lidský polyomavirus, označený jako MCPyV, byl nedávno objeven v karcinomu z Merkelových buněk. Vysoká četnost výskytu a způsob integrace virové DNA v karcinomu z Merkelových buněk ukazuje že MCPyV může hrát zásadní roli při jeho vzniku. Předkládaný projekt je zacílen na získání znalostí o biologických vlastnostech MCPyV a jeho prevalenci v České republice. Studie zahrnuje konstrukce vektorů pro produkci jednotlivých virových proteinů v hmyzích a savčích buňkách a přípravu specifických protilátek. Budou studovány vlastnosti virových proteinů, interakce s buněčnými strukturami a funkce. Z hmyzích buněk produkujících proteiny kapsidy budou připraveny pseudokapsidy (VLPs) a použity jako antigen k testování protilátek proti polyomaviru MCPyV u imunokompetentních a imunosuprimovaných jedinců z České republiky. V DNA izolované ze vzorků karcinomu z Merkelových buněk bude zjišťována přítomnost DNA viru MCPyV.
Více...Vztah virové etiologie nádorů orofaryngu k úspěšnosti jednotlivých léčebných modalit
NT12483 [2011 – 2014]
prof. MUDr. Roman Kostřica, FN u sv. Anny, Brno
RNDr. Ruth Tachezy, Ph.D., doc. MUDr. Jan Klozar, CSc., FN Motol
Stanovení HPV ve vzorku oroforyngealního dlaždicobuněčného karcinomu před léčbou selektuje skupinu pacientů s HPV pozitivními a negativními nádory. V obou skupinách bude zjišťována léčebná odpověď a přežiti v závislosti na léčebných modalitách (chemoterapie, radioterapie, chemoradioterapie, biologická léčba monoklonální protilátkou, chirurgie). Bude zkoumáno, zda prognostická výhoda HPV pozitivity je vázána na způsob léčby. Předpokládáme, že HPV pozitivní pacienti aby do budoucna mohli profitovat z méně intenzivní konzervativní terapie při zachování stejné prognózy. HPV status by se v krátkém časovém horizontu mohl stát významným nástrojem pro stratifikaci léčby. Detekovány budou přímé (HPV DNA, HPV mRNA genu E6 a E2) a nepřímé (exprese proteinů p53 a p16) markery aktivní virové infekce a bude srovnána senzitivita metod stanovujících přítomnosti HPV DNA –PCR a ISH. Účelem je zjištění optimální diagnostické metody pro klinickou praxi k selekci pacientů s HPV pozitivními nádory hlavy a krku.
Více...Vývoj vakcín namířených proti znakům nádorových kmenových buněk
IGA MZd NT 11541 [2010 – 2013]
RNDr. Michal Šmahel, Ph.D.
Vývoj DNA vakcín proti transkripčním faktorům SOX2 a NANOG, které jsou nezbytné pro sebeobnovu nádorových kmenových buněk u různých typů lidských nádorů. Zvýšení imunogennosti těchto vakcín přidáním buněčných lokalizačních signálů a sekvencí z genu tetanového toxinu kódujících silné pomocné epitopy. Analýza vlivu xenogenních genů na imunogennost vakcín. Snížení potenciální onkogennosti SOX2 a NANOG mutagenezí jaderných lokalizačních signálů a odstraněním jejich iniciačních kodonů u fúzních genů. Protinádorový účinek připravených DNA vakcín bude testován na myších nádorových modelech s použitím buněčných linií embryonálních karcinomů.
Více...Nanobiofotonika pro medicínu budoucnosti (2012-2018, GA0/GB)
GA ČR P205/12/G118 [2012 – 2018]
doc. Ing. Jiří Homola, CSc., DSc., Ústav fotoniky a elektroniky AV ČR
Prof. Ing. Jan Dyr, DrSc.
Biofotonika představuje jednu z nejrychleji se rozvíjejících vědeckých disciplín současnosti. Očekává se, že biofotonika se bude významně podílet na formování nové generace nástrojů a metod pro medicinální výzkum a diagnostiku a přispěje tak k efektivnější, kvalitnější a dlouhodobě udržitelné zdravotní péči. Navrhovaný projekt je projektem základního orientovaného výzkumu v oblasti biofotoniky se zaměřením na biosenzory založené na fotonických nanostrukturách. Hlavní výzkumné oblasti tohoto projektu zahrnují jak výzkum fotonických jevů na kovových nanostrukturách s povrchovými plasmony a nových nástrojů pro jejich teoretickou a analýzu, tak propojení těchto nanostruktur s biomolekulami a studiu interakcí mezi biofotonickými nanostrukturami a biologickými vzorky. Projekt dále zahrnuje přípravu a experimentální charakterizaci speciálních nanostruktur pro nové typy biosenzorů na bázi rezonance povrchových plasmonů (SPR) a povrchem zesíleného Ramanova rozptylu (SERS) pro detekci biomarkerů onkohematologických onemocnění.
Více...Vývoj chimerických antigenních receptorů pro imunoterapii lymfomů
IGA MZd NT 14030-3 [2013 – 2015]
MUDr. Pavel Otáhal, PhD., 1. LF UK Praha
MUDr. Jan Vydra, Ph.D.
T lymfocyty budou získány od pacientů s diagnózou B-NHL odběrem krve, stimulovýny in vitro pomocí anti-CD3 a anti-CD28 protilátek a transdukovány lentivirem exprimujícím CD20 CAR. Vypracujeme postupy rpo velkoobjemovou kultivaci T lymfocytů za podmínek Správné výrobní praxe a vypracujeme Standardní operační postupy pro manipulaci s geneticky modifikovanými buňkami. Po expanzi in vitro bude testována schopnost transdukovaných T lymfocytů zabít autologní nádorové buňky in vitro nebo in vivo v imunodeficitních myších, které přihojily autologní maligní buňky B-NHL získané od pacientů. Provedeme charakterizaci transdukovaných T lymfocytů a nezbytné testy bezpečnosti in vitro a ni vivo dle požadavků SÚKL. Dále provedeme analýzu buněk B-NHL s cílem vytipovat další vhodné povrchové antigeny, které by mohly být cíleny pomocí CAR. Proti těmto antigenům připravíme nové CAR a otestujeme je in vitro a in vivo v imunodeficitních myších.
Více...XGENE.ORG – veřejný nástroj integrované analýzy transkripčních, miRNA and metylačních dat
IGA MZd NT 14539-3 [2013 – 2015]
Ing. Jiří Kléma, PhD., FEL, ČVUT Praha
RNDr. Monika Beličková, Ph.D.
Projekt významně funkčně rozšiřuje stávající podobu veřejného XGENE.ORG web nástroje s cílem umožnit kombinaci a souhrnné vyhodnocení uživatelských mRNA, miRNA a metylačních dat se současným využitím všech vhodných zdrojů strukturované genomické znalosti. Kromě nástroje budou výstupem i výsledky dosažené ve spolupráci s konkrétními pracovišti zabývajícími se myelodysplastickým syndromem a tumory zárodečných buněk. Jádrem řešení budou pokročilé algoritmy relačního strojového učení a stochastické optimalizace, statistické metody a moderní metody pro tvorbu webových aplikací. Konkrétními výstupy nástroje budou 1) biologicky snadno popsatelné vzory ve tvaru množiny nebo anotované sítě specifických příbuzných elementů typu gen, bílkovina, miRNA sekvence nebo metylační ostrůvek spojených s konkrétní charakteristickou množinou biologických vzorků a 2) prediktivní modely určující neznámý fenotyp vzorku se známými hodnotami měřitelných molekulárních markerů.
Více...Očkování proti HPV u pacientů s rekurentní laryngální papillomatózou – je možné zlepšit kvalitu jejich života?
Merc & Dohme s.r.o. IIS ID 37651 [2011 – 2016]
RNDr. Ruth Tachezy, Ph.D.
MUDr. Jitka Vydrová – Medical Healthcom., s.r.o., Hlasové centrum, Praha
Klinická studie fáze III b. Hlavním cílem studie bude ověřit vliv očkování tetravalentní HPV vakcínou na vznik rekurentních papillomatozních lézi a interval remisí u pacientů s RRP. Vedlejšími cíli bude zjištění typu HPV v lézi RRP, sledování hladin protilátek proti HPV antigenům obsaženým ve vakcíně, případně složkám imunitního systému v odebraném séru.
Více...Původ dětských leukémií
IGA MZd NT 12328-5 [2011 – 2015]
doc. MUDr. Jan Zuna, Ph.D., 2. LF UK Praha
MUDr. Ivan Fales
V rámci předkládaného projektu budeme analyzovat preleukemické buňky získané ze čtyř různých zdrojů. Získáme data o fenotypu a o charakteru genetických a funkčních změn typických pro preleukemii a aberaci, které vedou k následné progresi do leukemie. Pokusíme se pravděpodobnost této progrese negativně ovlivnit v in-vitro podmínkách.
Více...Rizikové faktory vzniku rezistence CMV vůči virostatikům u pacientů po alogenní transplantaci hematopoetických kmenových buněk
IGA MZd NT 13691-4 [2012 – 2015]
MUDr. Petr Hubáček, PhD., 2. LF UK Praha
prof. MUDr. Petr Cetkovský, Ph.D., MBA
Rezistence CMV vůči vorstatikům je zpravidla závažnou komplikací terapie CMV infekce u pacientů po alogenní transplantaci hematopoetických kmenových buněk (HSCT). Proto chceme ozřejmit rizikové faktory vzniku CMV rezistence dané klinickými příznaky, imunosupresivní terapií apod., ale také variabilitu CMV, kterou otestujeme pomocí realtime PCR a sekvenace typu slykoproteinu B, glykoproteinu H a UL144. Terapii pak budeme sledovat pomocí měření hladin gancikloviru/valgancikloviru a sledování délky nasazení virostatik. Retrospektivně otestujeme CMV genotypy a přítomnést rezistencí u pacientů po HSCT z let 2002-2011 na Ústavu hematologie a krevní transfúze a Klinice dětské hematologie a onkologie FN Motol a zároveň pro statistickou analýzu od daných pacientů sebereme kliniká data pro testování rizikových faktorů. Při prospektivním sledování mimo výše uvedeného budeme sledovat ještě výskyt této komplikace v dalších centrech historicky rozdílným výskytem rezistence.
Více...Lidské mezenchymové stromální buňky pro léčebné účely. Preklinické a farmakologické testy a schválení buněčného preparátu pro klinické užití.
IGA MZd NT 13531-4 [2012 – 2015]
MUDr. Robert Pytlík 1. LF UK Praha
MUDr. Ivan Fales
Lidské mezenchymové stromální buňky (hMSC) budou připravovány z kostní krve pacientů podstupujících vyšetření kostní dřeně z diagnostických důvodů a expandovány patentovanou metodou vyvinutou předkladateli grantového projektu. Dosavadní znalosti farmakodynamiky budou doplněny studiemi zaměřenými na průkaz konceptu, charakterizaci buněk a testy bezpečnosti in vivo. Patentovaný způsob kultivace bude přenesen do podmínek správné výrobní praxe (GMP). Dále bude vytvořena preklinická dokumentace týkající se komponent užívaných k přípravě buněčného preparátu. Optimalizovaná metodika expanze hMSC bude následně předložena k posouzení Státnímu ústavu pro kontrolu léčiv (SÚKL), eventuálně po připomínkách SÚKL doplněna tak, aby přípravek mohl být schválen pro užití v klinických studiích.
Více...Očkování proti HPV u pacientů s rekurentní laryngální papillomatózou – je možné zlepšit kvalitu jejich života?
Merck & Dohme s.r.o. IIS ID 37651 [2011 – 2021]
RNDr. Ruth Tachezy, Ph.D.
MUDr. Jitka Vydrová – Medical Healthcom., s.r.o.,, Hlasové centrum, Praha
Klinická studie fáze III b. Hlavním cílem studie bude ověřit vliv očkování tetravalentní HPV vakcínou na vznik rekurentních papillomatozních lézi a interval remisí u pacientů s RRP. Vedlejšími cíli bude zjištění typu HPV v lézi RRP, sledování hladin protilátek proti HPV antigenům obsaženým ve vakcíně, případně složkám imunitního systému v odebraném s
Více...