Grantové projekty (probíhající v roce 2010)
Zobrazit granty probíhající v roce: 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2024, 2025, 2026, 2027, 2028.
Kvalita života a její vliv na celkové přežití nemocných po transplantaci krvetvorných buněk v ČR
IGA MZd NT 11299 [2010 – 2015]
prof. MUDr. Marek Trněný, CSc.
doc. MUDr. Veronika Válková, CSc.
Cílem našeho projektu je: popsat kvalitu života transplantovaných nemocných pomocí standardizovaných dotazníků QOL a navrhnout opatření. Bude provedena: 1. retrospektivní analýza se zaměřením na korelaci kvality života a celkového přežití dle jednotlivých diagnóz u pacientů s delším časovým odstupem po transplantaci (déle než tři roky) při srovnání rozdílů v jednotlivých letech. 2. prospektivní analýza, která bude mapovat podrobně především časné období po transplantaci do jednoho roku. Výsledky budou hodnoceny v závislosti na typu onemocnění, stavu choroby při transplantaci, věku a pohlaví nemocného, na typu transplantačního režimu a na typu dárce. 3. Na podkladě těchto sledování bude vytvořen návrh na podpůrný psychosociální program pro jednotlivá pracoviště, tak aby se sledování QOL stalo součástí běžné zdravotnické praxe, a na druhou stranu, aby jeho zhodnocení přinášelo efekt pro nemocného a zpětnou vazbu pro zdravotnický personál.
Více...DNA fingerprinting u chronické myeloidní leukémie
IGA MZd NT 11555 [2010 – 2014]
doc. Mgr. Kateřina Machová Poláková, Ph.D.
Pomocí AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) vytvoříme unikátní DNA a DNA methylační fingerprinty pacientů s CML v různých fázích onemocnění s různou odpovědí na léčbu a pomocí shlukové analýzy a analýzy hlavních komponent rozdělíme pacienty se společnými znaky do skupin na genetickém a epigenetickém základě a zhodnotíme míru korelace takového rozdělení se známými sledovanými znaky pacientů, na základě kterých jsou pacienti v současné době hodnoceni pro prognózu a odpověď na léčbu. AFLP profilování umožní vytipovat nové cílové oblasti v DNA pro vývoj nových diagnostických markerů CML. V rámci projektu budeme klinicky validovat analýzy (detekce mutací v kinázové doméně BCR-ABL pomocí preskríningové metody HRM, genová exprese WT1 a jeho isoforem, stupeň fosforylace významných proteinů), které byly úspěšně vyvinuty v rámci našeho projektu IGA MZ ČR NR/8758-3 (2006-2008) “Časné markery rezistence k imatinibu při léčbě chronické myeloidní leukemie“.
Více...Molekulární fenotypizace minimálního poškození transplantované ledviny a její prognostický význam
IGA MZd NT 11227 [2010 – 2014]
Prof. MUDr. Viklický Ondřej, CSc., Institut klinické a experimentální medicíny – Praha
Prof. MUDr. Radim Brdička, DrSc.
V tomto projektu bude ve 40 vzorcích biopsií štěpů od pacientů po Tx ledviny stanoven celogenomový expresní profil pomocí microarray techniky. Biopsie budou vybrány na základě histopatologického nálezu a stavu funkce štěpu v 1. a 2. roce a po transplantaci (9 s normálním nálezem a zhoršenou fcí + 9 s normálním nálezem a stabilní fcí, 6 s nálezem hraničních změn a zhoršenou fcí + 6 s nálezem hraničních změn a stabilní fcí v protokolární biopsii a 5 s nálezem hraničních změn a zhoršenou fcí + 5 s nálezem hraničních změn a stabilní fcí v časné biopsii do třetího měsíce po Tx). Na základě vyhodnocení dat z microarray bude vybrán set genů pro jednotlivé skupinu determinující. Schopnost predikce osudu transplantované ledviny pomocí námi vybraného setu genů bude ověřena pomocí metody RT-qPCR na „validační skupině“ 80 biopsií štěpů rozděleném ve stejném poměru jako skupiny pro analýzu pomocí microarray techniky.
Více...Studium nového lidského polyomaviru objeveného v karcinomech Merkelových buněk
GAP304/10/1511 [2010 – 2014]
RNDr. Noemi Čeřovská, CSc.
RNDr. Michal Šmahel, Ph.D.
Nový lidský polyomavirus, označený jako MCPyV, byl nedávno objeven v karcinomu z Merkelových buněk. Vysoká četnost výskytu a způsob integrace virové DNA v karcinomu z Merkelových buněk ukazuje že MCPyV může hrát zásadní roli při jeho vzniku. Předkládaný projekt je zacílen na získání znalostí o biologických vlastnostech MCPyV a jeho prevalenci v České republice. Studie zahrnuje konstrukce vektorů pro produkci jednotlivých virových proteinů v hmyzích a savčích buňkách a přípravu specifických protilátek. Budou studovány vlastnosti virových proteinů, interakce s buněčnými strukturami a funkce. Z hmyzích buněk produkujících proteiny kapsidy budou připraveny pseudokapsidy (VLPs) a použity jako antigen k testování protilátek proti polyomaviru MCPyV u imunokompetentních a imunosuprimovaných jedinců z České republiky. V DNA izolované ze vzorků karcinomu z Merkelových buněk bude zjišťována přítomnost DNA viru MCPyV.
Více...Vývoj vakcín namířených proti znakům nádorových kmenových buněk
IGA MZd NT 11541 [2010 – 2013]
RNDr. Michal Šmahel, Ph.D.
Vývoj DNA vakcín proti transkripčním faktorům SOX2 a NANOG, které jsou nezbytné pro sebeobnovu nádorových kmenových buněk u různých typů lidských nádorů. Zvýšení imunogennosti těchto vakcín přidáním buněčných lokalizačních signálů a sekvencí z genu tetanového toxinu kódujících silné pomocné epitopy. Analýza vlivu xenogenních genů na imunogennost vakcín. Snížení potenciální onkogennosti SOX2 a NANOG mutagenezí jaderných lokalizačních signálů a odstraněním jejich iniciačních kodonů u fúzních genů. Protinádorový účinek připravených DNA vakcín bude testován na myších nádorových modelech s použitím buněčných linií embryonálních karcinomů.
Více...Vývoj nové rekombinační technologie k transformaci chloroplastů a její využití pro produkci E7 proteinu lidského papilomaviru v rostlinách
IAA500960903 [2009 – 2012]
Doc. RNDr. Josef Vlasák, CSc., Biologické centrum AV ČR, v.v.i.
RNDr. Viera Ludvíková
Je navržen vývoj nové metody transformace chloroplastů využívající lineární DNA vektory aplikované biolisticky spolu s chloroplastovými kazetami exprimujícími rekombinační geny Red bakteriofága lambda. Idea vychází z pokusů o cílenou inserční mutagenezi v kvasinkách, sinicích a E. coli, kde konce DNA podporují výrazně homologní rekombinaci a lambdové proteiny Exo, Beta a Gam velmi účinně chrání a upravují konce DNA, které pak i při velmi krátké homologii výrazně podporují rekombinaci. Lineární vektory mohou být připraveny jako produkty PCR reakce se syntetickými primery na koncích, homologními s cílovou sekvencí v chloroplastovém genomu. Chloroplastové vektory ponesou kromě markerových genů také onkogen E7 z lidského papilomaviru ve formě neonkogenní, ale vysoce immunogenní fuze E7GGG/GUS. Cilem je získat transformanty produkující antigen využitelný jako součást terapeutické vakciny. Virové antigeny produkované v rostlinách budou stanovovány protilátkami a testovány na myších.
Více...Studium nového lidského polyomaviru objeveného v carcinomech Merkelových buněk
GA ČR P304/10/1511 [2010 – 2012]
Doc. RNDr. Jitka Forstová, CSc., Přírodovědecká fakulta UK
Mgr. Vojtěch Šroller, Ph.D.
Nový lidský polyomavirus, označený jako MCPyV, byl nedávno objeven v karcinomu z Merkelových buněk. Vysoká četnost výskytu a způsob integrace virové DNA v karcinomu z Merkelových buněk ukazuje že MCPyV může hrát zásadní roli při jeho vzniku. Předkládaný projekt je zacílen na získání znalostí o biologických vlastnostech MCPyV a jeho prevalenci v České republice. Studie zahrnuje konstrukce vektorů pro produkci jednotlivých virových proteinů v hmyzích a savčích buňkách a přípravu specifických protilátek. Budou studovány vlastnosti virových proteinů, interakce s buněčnými strukturami a funkce. Z hmyzích buněk produkujících proteiny kapsidy budou připraveny pseudokapsidy (VLPs) a použity jako antigen k testování protilátek proti polyomaviru MCPyV u imunokompetentních a imunosuprimovaných jedinců z České republiky. V DNA izolované ze vzorků karcinomu z Merkelových buněk bude zjišťována přítomnost DNA viru MCPyV.
Více...Studium aberantně metylovaných genů u pacientů s MDS a AML pomocí DNA metylačních arrayí
MŠMT OC 10042 [2010 – 2012]
RNDr. Cedrik Haškovec, CSc.
Studium metylace promotorových oblastí genů u pacientů s MDS a AML pro sledování progrese AML a transformace MDS do AML. Využítí DNA metylační arrayí k ověření metylačního statusu genů vytipovaných na základě našich předchozích výsledků a výsledků publikovaných v recentní literatuře z celogenomových tzv. highthroughput DNA metylačních arrayí. Na základě našich výsledků z DNA metylačních arrayí vybereme geny vhodné pro další sledování, otestujeme je pomocí bisulfitového sekvenování a následně zavedeme metody vhodné pro rutinní sledování metylace DNA, jako je metoda metylačně specifické real-time PCR (MethyLight) a metylačně specifická high resolution melting analýza (MS-HRM). Chceme nalézt nejvhodnější biomarkery pro určení prognózy pacientů s MDS a AML.
Více...Typově specifická prevalence HPV ve screeningové populaci žen
IGA MZd NS10/656-3/2009 [2009 – 2011]
RNDr. Ruth Tachezy, Ph.D.
Zjištění věkově závislé prevalence HPV ve stěru z děložního hrdla v populaci žen v ČR, které se účastní preventivních gynekologických vyšetření (oportunního screeningu), zjištění rozložení typů HPV v této skupině žen a porovnaní HPV nálezů ve skupině žen bez klinického nálezu a žen se suspektním nebo patologickým nálezem na děložním hrdle, rekrutujících se z této screeningové populace. Porovnat běžně používanou metodu detekce vysoko-rizikových (HR) typů HPV a vysoce specifickou a citlivou metodu detekce a typizace HPV z hlediska detekce spektra HR HPV vyskytujících se v české populaci.
Více...