Aktuálně řešená problematika

Vývoj proteinových čipů pro diagnostiku myelodysplastického syndromu (MDS) pomocí optické metody resonance povrchového plasmonu (surface plasmon resonance, SPR) umožňující sledovat proteinové interakce v reálném čase.

Čip by měl sloužit jako sensor pro detekci markerů myelodysplastického syndromu s využitím (pato)fyziologických protein-protein interakcí s jejich fyziologickými protějšky (ligandy/receptory). Bílkovinných markerů, jejichž koncentrace v krevní plasmě by mohla charakterizovat jednotlivá stádia onemocnění MDS, nebylo v dostupné literatuře popsáno mnoho. Podařilo se vyhledat 7 bílkovin s vyšší plasmatickou koncentrací během MDS (Vascular endothelial growth receptor 1_VEGF-R1, Vascular cell adhesion protein 1_VCAM1, Nucleoside diphosphate kinase A_NM23-H1, Intracellular adhesive molecule_ICAM1, Hemoglobin subuinit beta_HBB, Tumour necrosis factor ligand superfamily member 9_CD137L, T-lymphocyte activation antigen_ CD86). Významnou komplikací MDS pacientů, kteří podstupují v rámci léčby časté transfuze, je vznikající vysoká koncentrace nevázaného železa v krvi. Byly sledovány produkty oxidační nerovnováhy, ke které v tomto důsledku dochází. Pomocí HPLC s UV detekcí byly stanoveny hladiny malondialdehydu u 86 vzorků MDS pacientů, dále pak hladiny dusitanů a thiolů (homocystein, glutathion, L-glycin, cysteineglycin) na HPLC fluorescenční detekcí a hladiny dusičnanů užitím kapilární elektroforézy.

Proteomika aktivovaných krevních destiček

Podařilo se nalézt 190 signifikantně (ANOVA, p<0,05) odlišných spotů na dvourozměrné elektroforéze, proteiny 180 spotů byly identifikovány hmotnostní spektrometrií a odpovídaly 144 různým proteinům. Bylo nalezeno pět proteinů v krevních destičkách zatím neidentifikovaných (Protein CDV3 homolog, Protein ETHE1, Protein LZIC, FGFR1 oncogene partner 2, and Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5).

Proteomika plasmy u kardiovaskulárních chorob

Byly porovnány plasmatické proteomy pacientů s kardiovaskulárními chorobami – akutní infarkt myokardu (AIM), nestabilní angina pectoris (NAP), stabilní angina pectoris (SAP) – s kontrolní skupinou s cílem potenciálního využití změn jako rizikových faktorů.

V souboru 130 pacientů bylo nalezeno 46 signifikantně (ANOVA, p<0,05) odlišných spotů odpovídajících 38 různým proteinům. Porovnáním jednotlivých skupin pacientů s kontrolní skupinou bylo pak nalezeno: 45 lišících se spotů AIM vs. N (38 proteinů), 41 spotů NAP vs. N (23 proteinů) a 8 spotů SAP vs. N (9 proteinů). Byly také nalezeny frakce obsahující apolipoprotein A1 ve všech pacientských skupinách.

Proteomika plasmy u myelodysplastického syndromu

Byla analyzována a publikována jedna podskupina MDS – refrakterní cytopenie s multilineární dysplazií (RCMD). Bylo nalezeno 61 signifikantně (ANOVA, p<0,05) odlišných spotů, proteiny 59 spotů identifikovány a odpovídaly celkem 57 různým proteinům. Byla pozorována fragmentace několika proteinů: complement C4-A (B), ITIH4, endorepellin (LG3).

Charakterizace změn struktury a funkce fibrinogenu

Zatím bylo vyšetřeno 76 vzorků pacientů se suspektní dysfibrinogenemií či hypofibrinogenemií z celé ČR. Funkční a genetické vyšetření odhalilo: 3 případy získané dysfibrinogenemie, 8 rodin s vrozenou hypofibrinogenemií a 25 rodin s vrozenou dysfibrinogenemií

• Dysfibrinogenemie Aalfa řetězce
  • Aalfa Arg16Cys - 2 rodiny, krvácivé projevy, odštěpování fpA
  • Aalfa Arg16His - 6 rodin, krvácivé projevy, odštěpování fpA
  • Aalfa Asn106Asp - 1 rodina, nepopsaná mutace, DVT, PE
  • Aalfa Ser314Cys - 1 rodina, nepopsaná mutace, ovlivnění laterální agregace protofibril
  • Aalfa Gly13Glu - 4 rodiny, odštěpování fpA
  • Aalfa Gly17Val - 1 rodina, odštěpování fpA
  • Aalfa Ser361Pro - 1 rodina, omezení flexibility konektoru alfaC domény, nepopsaná mutace
  • Aalfa Phe98Ile - 2 rodiny, spojená s aborty, nepopsaná mutace
  • A Phe98Ile - 1 rodina, nepopsaná mutace, hypofibrinogenemie
  • Kombinovaná mutace Aalfa Ser314Cys a Aalfa Gly13Glu - jediný známý případ kombinované mutace v ČR
• Dysfibrinogenemie Bbeta řetězce
  • Bbeta Arg237Ser - 1 rodina, DVT, nepopsaná mutace
  • Bbete His67Leu - 1 rodina, hypofibrinogenemie, nepopsaná mutace
  • Bbeta Gly414Ser - 1 rodina, hypofibrinogenemie, porucha sekrece molekul z hepatocytů
  • Bbeta Asp320His - 1 rodina, hypofibrinogenemie, nepopsaná mutace
  • Bbeta Asn351Lys - 1 rodina, hypofibrinogenemie, nepopsaná mutace
• Dysfibrinogenemie gama řetězce
  • gama Tyr363Asn - 1 rodina, nepopsaná mutace, DVT, porucha laterální agregace protofibril
  • gama Gly351Ser - 1 rodina, nepopsaná mutace, hypofibrinogenemie
  • gama Tyr262Cys - 1 rodina, nepopsaná mutace, porucha morfologie fibrinu
  • gama Arg275His - 1 rodina, interakce D-D regionů
  • gama Thr21Ile - 1 rodina, hypofibrinogenemie, nepopsaná mutace
  • gama Ser313Gly - 1 rodina, nepopsaná mutace
• Získané dysfibrinogenemie
  • Pacient I: 45letý muž, ALL, léčba pomocí asparaginasy. Vedlejším účinkem léčby může být i snížení syntézy fibrinogenu v hepatocytech. Pacient měl výrazně sníženou hladinu fibrinogenu – 0,74 g/l a prodloužený TT (23,0 s).
  • Pacient II: 3letá dívka léčená kvůli eozinofilní kolitidě. U pacientky bylo zjištěno opakovaně velmi prodloužené aPTT, prodloužený TT (nad 2 min) a snížená hladina fibrinogenu (1,90 g/l). Příčina získané dysfibrinogenemie zatím neznámá.
  • Pacient III: 72letý muž, MM s produkcí paraproteinu. Pomocí imunoblotu zjištěna specifita paraproteinu proti gama řetězci fbg. Paraprotein bránil správné polymeraci fibrinu, po léčbě normalizace