Cirkulární RNA a jejich vztah k sestřihu RNA v patogenezi myelodysplastického syndromu
Registrační číslo
20-19162S
Trvání od
2020
Trvání do
2022
Spoluřešitelé
Doc. Ing. Jiří Kléma, Ph.D., FEL ČVUT Praha
Anotace
Mutace v sestřihových faktorech představují nejčastější molekulární změny u
myelodysplastického syndromu (MDS). I přes určité pokroky v pochopení jejich role v
patogenezi MDS, nebyl doposud studován vliv těchto mutací na cirkulární RNA (circRNA).
CircRNA tvoří skupinu RNA s kovalentně uzavřenou kontinuální smyčkou, jejichž rozšířenost a četnost byla popsána teprve nedávno. Protože většina circRNA je produkována procesem tzv. backsplicingu, předpokládáme, že aberantní sestřih pozorovaný v MDS ovlivňuje také tvorbu circRNA. S ohledem na rozličné regulační funkce circRNA pravděpodobně přispívá jejich deregulace k patogenezi MDS. Změněné hladiny jednotlivých circRNA mohou navíc sloužit jako nové molekulární biomarkery pro stanovení prognózy a terapeutické odpovědi na léčbu MDS. CircRNA mohou také tvořit novou třídu molekulárních cílů pro léčbu tohoto onemocnění. V navrhovaném projektu využijeme sekvenování nové generace, integrativní datové analýzy a funkční studie k identifikaci a charakterizaci rolí circRNA v patogenezi MDS. Budeme zkoumat vztah mezi circRNA a sestřihovými mutacemi u MDS pomocí sekvenování nové generace. Budeme korelovat hladiny circRNA a lineárních transkriptů. Funkce vybraných circRNA budou stanoveny pomocí integrativních datových analýz a funkčních testů.