Úsek pro vědu a výzkum

NRL pro DNA diagnostiku

NRL pro DNA diagnostiku je začleněna v Komplementu laboratoří ÚHKT. Od roku 2002 kontinuálně obhajuje nezávislé a nestranné posouzení odborné způsobilosti podle normy ČSN EN ISO/IEC 17025 Posuzování shody – Všeobecné požadavky na způsobilost zkušebních a kalibračních laboratoří, jejíž aplikaci ověřuje Český institut pro akreditaci. Osvědčení o akreditaci v aktuální verzi je dostupné na webových stránkách ÚHKT.

NRL pro DNA diagnostiku zahrnuje tři samostatná oddělení: Oddělení molekulární genetiky, Oddělení HLA a Oddělení buněčného chimerizmu, která jsou zároveň v rámci Komplementu laboratoří akreditována ČIA, o.p.s. podle normy ČSN EN ISO 15189 Zdravotnické laboratoře – Požadavky na kvalitu a způsobilost. Hlavním odborným zaměřením NRL je molekulárně-genetická diagnostika vybraných hematoonkologických onemocnění, přesné určování genotypů HLA a stanovení buněčného chimerizmu.

V akreditované zkušební laboratoři provádíme testování diagnostických kitů, poskytujeme kontrolní vzorky (DNA) s definovanými vlastnostmi zajišťujícími návaznost na mezinárodní standardy a ověřujeme výsledky pro další laboratoře. Jednotlivá oddělení se zabývají i výzkumnou činností a slouží jako školící pracoviště. Součástí námi nabízených služeb je organizování specializovaných školících kurzů, seminářů a poskytování odborných konzultací.

Oddělení každý rok organizují externí kontrolu kvality (mezilaboratorní porovnání zkoušek – MPZ).

Pro potřeby nebo na přání zákazníka může NRL pro DNA diagnostiku využít v rámci přiznaného „flexibilního rozsahu akreditace“ zavedení nových nebo modifikovaných metod či postupu zkoušení (nového přístrojového vybavení) v rámci již přiznaného rozsahu akreditace, a to za podmínek zachování principu vyšetření. Aktuální seznam metod a postupů v rámci přiznaného flexibilního rozsahu akreditace je uveden zde: Seznam činností v rámci flexibilního rozsahu akreditace.

Dokumenty ke stažení:

Oddělení HLA

Pracoviště: Kateřinská 521/19, 120 00 Praha 2

Vedoucí oddělení: Ing. Milena Vraná
Zástupce vedoucí: Mgr. Radek Plachý

V současné době provádíme genotypizaci lokusů HLA I. a II. třídy: HLA A, B, C, DRB1, DQB1, DQA1 a DPB1 na úrovni určení alelických skupin či jednotlivých alel a stanovení KIR genů (3DL1, 2DL1, 2DL3, 2DS4, 2DL2, 2DL5, 3DS1, 2DS1, 2DS2, 2DS3, 2DS5, 2DL4, 3DL2, 3DL3, 2DP1 a 3DP1). V případě požadavku zadavatelů lze nabídku rozšířit i o další klasické a neklasické HLA geny.

Pro testování se používají metody založené na polymerázové řetězové reakci (PCR) a masivně paralelním sekvenování (NGS).

Dané kontrolní materiály používáme také jako vzorky pro poskytované kontroly kvality v rámci MPZ (Detekce HLA alel asociovaných s chorobami).

Prováděné zkoušky v rozsahu akreditace:

  • Stanovení variant sekvencí genů souvisejících s hematologickými a imunologickými onemocněními a transplantačním programem krvetvorných buněk metodou PCR s gelovou elektroforézou (NRL_05_SOP_14_02 postup A)

  • Stanovení variant sekvencí genů souvisejících s hematologickými a imunologickými onemocněními a transplantačním programem krvetvorných buněk metodou Real-time PCR (NRL_05_SOP_14_02 postup C)

  • Stanovení variant sekvencí genů souvisejících s hematologickými a imunologickými onemocněními a transplantačním programem krvetvorných buněk metodou NGS-MPS (NRL_05_SOP_14_02 postup D)

Oddělení molekulární genetiky

Pracoviště: U Nemocnice 2094/1, 128 00 Praha 2

Vedoucí oddělení: doc. Mgr. Kateřina Machová Poláková, Ph.D.
Zástupkyně vedoucí: Mgr. Hana Žižková, Ph.D.

V rámci zkušební laboratoře se zaměřujeme na stanovení přítomnosti a typu přestavby fúzního genu BCR::ABL1, stanovení hladiny trankriptu BCR::ABL1 a detekci mutací v kinázové doméně BCR::ABL1, které způsobují rezistenci k léčbě inhibitory tyrozinových kináz.

Dále se zabýváme přípravou kontrolních materiálů, které využíváme i pro pravidelně organizované MPZ, a to pro oblast Vyšetření fúzního genu BCR::ABL1.

Prováděné zkoušky v rozsahu akreditace:

  • Stanovení typu přestavby fúzního genu BCR::ABL1 metodou multiplex RT PCR (NRL_03_SOP_14_02)
  • Stanovení hladiny transkriptu BCR::ABL1 metodou Real-time RT PCR (NRL_04_SOP_14_02/postup A)
  • Stanovení mutací v kinázové doméně BCR::ABL1 metodou přímého sekvenování podle Sangera (NRL_04_SOP_14_02/postup B)
  • Stanovení přepočtového koeficientu pro vyjadřování výsledků hladiny transkriptu BCR::ABL1 v mezinárodním měřítku (NRL_04_SOP_14_02/postup C)

Oddělení buněčného chimerizmu

Pracoviště: Kateřinská 521/19, 120 00 Praha 2

Vedoucí oddělení: Mgr. Lucie Stefflová
Zástupkyně vedoucí: RNDr. Monika Leontovyčová

Stanovení genotypů sekvenčních polymorfismů slouží k identifikaci buněčné populace (postup A), a eventuálně poté následuje kvantitativní stanovení jednotlivých buněčných populací obsažených ve vzorku (postup B). Pro identifikaci a kvantifikaci využíváme PCR a následnou fragmentační analýzu polymorfismů typu short tandem repeats (STR) a kvantifikaci krátkých inzercí a delecí (indels) pomocí real-time PCR.

Tyto postupy lze také využít pro autentizaci buněčné linie, kterou některé vědecké časopisy doporučují před publikací odborného článku. Dále oddělení nabízí ověření genetické shody různých biologických vzorků. 

Prováděné zkoušky v rozsahu akreditace:

  • Stanovení genotypů sekvenčních polymorfismů metodou PCR s gelovou elektroforézou (NRL_01_SOP_14_02/ postup A)

  • Stanovení kvantitativního zastoupení genotypů ve vzorku analýzou sekvenčních polymorfismů metodou PCR s gelovou elektroforézou (NRL_01_SOP_14_02, postup B)

  • Stanovení genotypů sekvenčních polymorfismů metodou Real-time PCR (NRL_07_SOP_14_02, postup A)

  • Stanovení kvantitativního zastoupení genotypů ve vzorku analýzou sekvenčních polymorfismů metodou Real-time PCR (NRL_07_SOP_14_02, postup B)

 

Oddělení buněčného chimerizmu organizuje každoročně externí kontrolu kvality  Zkoušení způsobilosti pro oblast kvantitativního vyšetření buněčného chimerizmu.

Pracovníci jsou vázáni mlčenlivostí dle Zákona o zdravotních službách, 372/2011 Sb. Důvěra a vysoké zabezpečení údajů je jednou ze základních priorit v rámci činnosti Komplementu laboratoří ÚHKT. Zavedené postupy probíhají v souladu se Zákonem o zpracování osobních údajů 110/2019 Sb., a nařízením Evropského parlamentu a Rady EU 2016/679, ze dne 27. dubna 2016 o ochraně fyzických osob v souvislosti se zpracováním osobních údajů a o volném pohybu těchto údajů a o zrušení směrnice 95/46/ES. Více informací je dostupných na webových stránkách ÚHKT.