Úsek pro vědu a výzkum

NRL pro DNA diagnostiku

NRL pro DNA diagnostiku je začleněna v Komplementu laboratoří ÚHKT. Od roku 2002 kontinuálně obhajuje nezávislé a nestranné posouzení odborné způsobilosti podle normy ČSN EN ISO/IEC 17025 Posuzování shody – Všeobecné požadavky na způsobilost zkušebních a kalibračních laboratoří, jejíž aplikaci ověřuje Český institut pro akreditaci. Osvědčení o akreditaci v aktuální verzi je dostupné na webových stránkách ÚHKT.

NRL pro DNA diagnostiku zahrnuje tři samostatná oddělení: Oddělení molekulární genetiky, Oddělení HLA a Oddělení buněčného chimerizmu, která jsou zároveň v rámci Komplementu laboratoří akreditována ČIA, o.p.s. podle normy ČSN EN ISO 15189 Zdravotnické laboratoře – Požadavky na kvalitu a způsobilost. Hlavním odborným zaměřením NRL je molekulárně-genetická diagnostika vybraných hematoonkologických onemocnění, přesné určování genotypů HLA a stanovení buněčného chimerizmu.

V akreditované zkušební laboratoři provádíme testování diagnostických kitů, poskytujeme kontrolní vzorky (DNA) s definovanými vlastnostmi zajišťujícími návaznost na mezinárodní standardy a ověřujeme výsledky pro další laboratoře. Jednotlivá oddělení se zabývají i výzkumnou činností a slouží jako školící pracoviště. Součástí námi nabízených služeb je organizování specializovaných školících kurzů, seminářů a poskytování odborných konzultací.

Oddělení každý rok organizují externí kontrolu kvality (mezilaboratorní porovnání zkoušek – MPZ).

Pro potřeby nebo na přání zákazníka může NRL pro DNA diagnostiku využít v rámci přiznaného „flexibilního rozsahu akreditace“ zavedení nových nebo modifikovaných metod či postupu zkoušení (nového přístrojového vybavení) v rámci již přiznaného rozsahu akreditace, a to za podmínek zachování principu vyšetření. Aktuální seznam metod a postupů v rámci přiznaného flexibilního rozsahu akreditace je uveden zde: Seznam činností v rámci flexibilního rozsahu akreditace.

Dokumenty ke stažení:

Oddělení HLA

Pracoviště: Kateřinská 521/19, 120 00 Praha 2

Vedoucí oddělení: Ing. Milena Vraná
Zástupce vedoucí: Mgr. Radek Plachý

V současné době provádíme genotypizaci lokusů HLA I. a II. třídy: HLA A, B, C, DRB1, DQB1, -DQA1, DPB1 na úrovni určení alelických skupin či jednotlivých alel, a stanovení KIR genů. V případě požadavku zadavatelů lze nabídku rozšířit i o další klasické a neklasické HLA geny.

Pro testování se používají metody založené na polymerázové řetězové reakci (PCR) a masivně paralelní sekvenování (NGS).

Dané kontrolní materiály používáme také jako vzorky pro poskytované kontroly kvality v rámci MPZ (Detekce HLA alel asociovaných s chorobami).

Prováděné zkoušky v rozsahu akreditace:

  • Stanovení variant sekvencí genů souvisejících s hematologickými a imunologickými onemocněními a transplantačním programem krvetvorných buněk metodou PCR s gelovou elektroforézou (NRL_05_SOP_14_02 postup A)
  • Stanovení variant sekvencí genů souvisejících s hematologickými a imunologickými onemocněními a transplantačním programem krvetvorných buněk metodou Real-time PCR (NRL_05_SOP_14_02 postup C)
  • Stanovení variant sekvencí genů souvisejících s hematologickými a imunologickými onemocněními a transplantačním programem krvetvorných buněk metodou NGS-MPS (NRL_05_SOP_14_02 postup D)

Oddělení molekulární genetiky

Pracoviště: U Nemocnice 2094/1, 128 00 Praha 2

Vedoucí oddělení: doc. Mgr. Kateřina Machová Poláková, Ph.D.
Zástupkyně vedoucí: Mgr. Hana Žižková, Ph.D.

V rámci zkušební laboratoře se zaměřujeme na stanovení přítomnosti a typu přestavby fúzního genu BCR::ABL1, stanovení hladiny trankriptu BCR::ABL1 a detekci mutací v kinázové doméně BCR::ABL1, které způsobují rezistenci k léčbě inhibitory tyrozinových kináz.

Dále se zabýváme přípravou kontrolních materiálů, které využíváme i pro pravidelně organizované MPZ, a to pro oblast Vyšetření fúzního genu BCR::ABL1.

Prováděné zkoušky v rozsahu akreditace:

  • Stanovení typu přestavby fúzního genu BCR::ABL1 metodou multiplex RT PCR (NRL_03_SOP_14_02)
  • Stanovení hladiny transkriptu BCR::ABL1 metodou Real-time RT PCR (NRL_04_SOP_14_02/postup A)
  • Stanovení mutací v kinázové doméně BCR::ABL1 metodou přímého sekvenování podle Sangera (NRL_04_SOP_14_02/postup B)
  • Stanovení přepočtového koeficientu pro vyjadřování výsledků hladiny transkriptu BCR::ABL1 v mezinárodním měřítku (NRL_04_SOP_14_02/postup C)

Oddělení buněčného chimerizmu

Pracoviště: Kateřinská 521/19, 120 00 Praha 2

Vedoucí oddělení: Mgr. Lucie Stefflová
Zástupkyně vedoucí: RNDr. Monika Leontovyčová

Stanovení genotypů sekvenčních polymorfismů slouží k identifikaci buněčné populace (postup A), a eventuálně poté následuje kvantitativní stanovení jednotlivých buněčných populací obsažených ve vzorku (postup B). Pro identifikaci a kvantifikaci využíváme PCR a následnou fragmentační analýzu polymorfismů typu short tandem repeats (STR) a kvantifikaci krátkých inzercí a delecí (indels) pomocí real-time PCR.

Tyto postupy lze také využít pro autentizaci buněčné linie, kterou některé vědecké časopisy doporučují před publikací odborného článku. U zkoumané linie se pomocí genotypizace sekvenčních polymorfismů získá profil genomové DNA, který se porovná s publikovaným referenčním profilem. Poté, na základě srovnání obou profilů lze ověřit, jestli se jedná o shodnou linii, případně jestli linie obsahuje kontaminaci jinou linií.

Oddělení buněčného chimerizmu 1× ročně zajišťuje na mezinárodní úrovni kontrolu kvality, a to pro Zkoušení způsobilosti pro oblast kvantitativního vyšetření buněčného chimerizmu.

Prováděné zkoušky v rozsahu akreditace:

  • Stanovení genotypů sekvenčních polymorfismů metodou PCR s gelovou elektroforézou (NRL_01_SOP_14_02/ postup A)
  • Stanovení kvantitativního zastoupení genotypů ve vzorku analýzou sekvenčních polymorfismů metodou PCR s gelovou elektroforézou (NRL_01_SOP_14_02, postup B)
  • Stanovení genotypů sekvenčních polymorfismů metodou Real-time PCR (NRL_07_SOP_14_02, postup A)
  • Stanovení kvantitativního zastoupení genotypů ve vzorku analýzou sekvenčních polymorfismů metodou Real-time PCR (NRL_07_SOP_14_02, postup B)

Pracovníci jsou vázáni mlčenlivostí dle Zákona o zdravotních službách, 372/2011 Sb. Důvěra a vysoké zabezpečení údajů je jednou ze základních priorit v rámci činnosti Komplementu laboratoří ÚHKT. Zavedené postupy probíhají v souladu se Zákonem o zpracování osobních údajů 110/2019 Sb., a nařízením Evropského parlamentu a Rady EU 2016/679, ze dne 27. dubna 2016 o ochraně fyzických osob v souvislosti se zpracováním osobních údajů a o volném pohybu těchto údajů a o zrušení směrnice 95/46/ES. Více informací je dostupných na webových stránkách ÚHKT.