AZV NU21-07-00225

Spektrum somatických mutací detekovaných NGS a jejich souvislost s prognózou a léčebnými výsledky dospívajících a mladých dospělých pacientů s Ph pozitivními leukémiemi

2021 – 2024

Prof. MUDr. Jan Trka,, Ph.D., Fakultní nemocnice v Motole, Praha

Dospívající a mladí dospělí pacienti s Ph+ leukemiemi představují unikátní skupinu pacientů s hematologickými malignitami. Tato onemocnění si vyžadují pečlivé monitorování a dobrou adherenci pacientů k léčbě. Do dnešní doby, přes několik málo klinických studií, specifické aspekty a biologie Ph+ leukémií této věkové skupiny pacientů nebyly detailněji studovány. V současnosti se většina pacientů s diagnózou chronické myeloidní leukémie v chronické fázi (CML-CP) dožívá normální délky života. Před zavedením inhibitorů tyrozinových kináz (TKI) do lékařské praxe byl vyšší věk pacientů negativní prognostický faktor. Nyní v éře TKI se zdá, že dospívající děti a mladí dospělí (dle anglického Adolescents and Young Adults (AYA), ve věku 15-39 let v době diagnózy dle definice National Comprehensive Cancer Network Guidelines) trpící CML-CP mají horší prognózu a odpověď na léčbu TKI. V posledních letech jsou somatické mutace u hematologických malignit dosti studované, nicméně velmi málo je známo o spektru somatických mutací (mimo mutace v onkogenu BCR-ABL1) u AYA pacientů s Ph+ leukemiemi včetně Ph pozitivní akutní lymfoblatické leukémie (Ph+ALL) a jejich souvislosti s rezistencí k léčbě TKI a s relapsy. Předpokládáme, že komplexní skríning na bázi sekvenování nové generace plánované v navrhovaném projektu umožní zjistit, jestli je klonální hematopoéza horším prognostickým faktorem pro AYA pacienty s Ph+ leukemiemi. Domníváme se, že u AYA pacientů s CML a Ph+ALL může být identifikováno podobné spektrum mutací, ale jejich klonální vývoj se může lišit v důsledku odlišných léčebných protokolů. Řešení tohoto projektu pomůže identifikovat vysoce rizikové AYA pacienty s CML, kteří by mohli profitovat z intenzivnějšího léčebného protokolu podobného protokolu u Ph+ALL.

IGA MZd NT 11555

DNA fingerprinting u chronické myeloidní leukémie

2010 – 2014

Pomocí AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) vytvoříme unikátní DNA a DNA methylační fingerprinty pacientů s CML v různých fázích onemocnění s různou odpovědí na léčbu a pomocí shlukové analýzy a analýzy hlavních komponent rozdělíme pacienty se společnými znaky do skupin na genetickém a epigenetickém základě a zhodnotíme míru korelace takového rozdělení se známými sledovanými znaky pacientů, na základě kterých jsou pacienti v současné době hodnoceni pro prognózu a odpověď na léčbu. AFLP profilování umožní vytipovat nové cílové oblasti v DNA pro vývoj nových diagnostických markerů CML. V rámci projektu budeme klinicky validovat analýzy (detekce mutací v kinázové doméně BCR-ABL pomocí preskríningové metody HRM, genová exprese WT1 a jeho isoforem, stupeň fosforylace významných proteinů), které byly úspěšně vyvinuty v rámci našeho projektu IGA MZ ČR NR/8758-3 (2006-2008) “Časné markery rezistence k imatinibu při léčbě chronické myeloidní leukemie“.

18-18407S

Epigenetické, genetické a molekulární faktory potřebné pro mutagenezi onkogenu BCR-ABL1 v průběhu léčby Ph pozitivních buněk inhibitorem tyrosinkináz

2018 – 2020

Úspěšná léčba chronické myeloidní leukemie (CML) je založena na cílené inhibici aktivity BCR-ABL1 kinázy specifickými inhibitory (TKI), v prvé linii léčby zejména imatinibem. Mutace v kinázové doméně BCR-ABL1 představují významný mechanismus vzniku rezistence na léčbu TKI. V tomto projektu vycházíme z hypotézy, že rozvoj rezistence na TKI související s mutacemi v kinázové doméně BCR-ABL1 nepředstavuje pouze pasivní proces selekce již pre-existujících klonů nesoucích mutace. Mutace v kinázové doméně BCR-ABL1 mohou vznikat de novo během léčby na základě působení subletálních koncentrací TKI za účasti genetických, epigenetických a molekulární faktorů, umožňující leukemické buňce uniknout kontrole buněčného cyklu a DNA reparačním procesům. Předpokládáme, že identifikujeme molekuly a klíčové spojující články signálních drah odpovědných za rezistentní fenotyp, které mohou být terapeuticky ovlivnitelné a mohou nalézt uplatnění v časné předpovědi náchylnosti CML buněk k mutagenezi BCR-ABL1. Cíle projektu Odhalení genetických, epigenetických a environmentálních faktorů potřebných pro mutagenezionkogenu BCR-ABL1 v průběhu léčby CML buněčných linií a krvetvorných buněk in vitro.

AZV 15-31540A

Molekulární detekce chronické myeloidní leukémie pomocí pacient-specifické fúze genu BCR-ABL1: dopad na efektivitu léčby

2015 – 2018

Doc. MUDr. Jan Zuna, Ph.D., 2.LF UK Praha, Mgr. Tomáš Jurček, FN Brno

Předmětem řešení projektu je molekulární detekce chronické myeloidní leukémie (CML) prostřednictvím kvantifikace pacient-specifických fúzí genu BCR-ABL1 na DNA úrovni s cílem získat přesnější informaci o průběhu CML v určitých fázích léčby inhibitory tyrozinových kináz (TKI) než umožňuje standardní monitorování hladiny BCR-ABL1 transkriptu. Budeme studovat hypotézu, že hladina BCR-ABL1 pozitivních buněk v době diagnózy a časně po zahájení léčby stratifikuje pacienty, kteří na zvoleném TKI dosáhnou stabilní hluboké molekulární odpovědi, a pacienty, kteří jsou v riziku selhání stávající léčby a kteří mohou profitovat z její časné změny. Předpokládáme, že zcela klíčovou roli pak bude mít kvantifikace BCR-ABL1 na úrovni DNA u pacientů v hlubokých molekulárních odpovědích, u kterých je léčba TKI vysazována. Projekt svým řešením přispěje k personalizaci terapie díky pacient-specifické molekulární diagnostice s předpokládaným příznivým socioekonomickým dopadem v léčbě CML.

LH15104

Studium epigenetických faktorů a tumor-supresorových genů regulujících onkogenní signální dráhy na modelech leukemické hematopoézy

2015 – 2017

Účelem projektu je podpora mezinárodní vědecké spolupráce mezi Ústavem hematologie a krevní transfuze, Praha a Marlene and Stuart Greenebaum Cancer Center, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, USA na řešení projektu týkajícího se základního výzkumu epigenetických faktorů a tumor-supresorových genů regulujících signální dráhy na modelech leukemické hematopoézy. Projekt podpoří efektivní řešení vytyčených cílů, založeném na nezbytně nutné spolupráci mezi pracovišti, např. provádění analýz se zavedenými technologiemi na jednom či druhém pracovišti. Projekt umožní plně rozvinout spolupráci českého výzkumného ústavu s renomovaným světovým pracovištěm provádějícím základní výzkum v oblasti hemato-onkologických onemocnění.

AZV NU22-03-00136

Účinnost a bezpečnost vysazení inhibitorů tyrozinkináz po dvoustupňové redukci jejich dávky u pacientů s chronickou myeloidní leukemií (Prospektivní akademická multicentrická studie fáze II - HALF)

2022 – 2025

Prof. MUDr. Jiří Mayer, CSc., LF MU Brno

MUDr. Daniela Žáčková, Ph.D., FN Brno, doc. Mgr. Kateřina Machová Poláková, Ph.D., MUDr. Lukáš Stejskal, FN Ostrava, Prof. MUDr. Edgar Faber, CSc., FN Olomouc, MUDr. Michal Karas, Ph.D., RN Plzeň, MUDr. Petra Bělohlávková, Ph.D., FN Hradec Králové

Cíle navrhovaného projektu jsou následující: a) Zvýšit podíl pacientů s chronickou myeloidní leukemií (CML) dosahujících úspěšné remise bez nutnosti terapie (treatment-free remission, TFR). b) Snížit výskyt a/nebo závažnost projevů syndromu z vysazení inhibitorů tyrozinkináz (TKI). c) Naplněním obou předchozích cílů zlepšit kvalitu života pacientů. d) Identifikovat klinické a biologické faktory asociované s úspěšnou TFR, včetně korelace faktorů, jejichž vztah k úspěšné TFR dosud nebyl studován či jsou data sporadická, jako jsou např. analýza plazmatických koncentrací TKI, sledování měřitelné zbytkové nemoci pomocí vysoce senzitivních metod molekulárního monitoringu – digitální kapkové PCR na RNA i DNA úrovni, analýza farmakogenotypů v promotorech genů transmembránových přenašečů imatinibu, analýza mutací v genech asociovaných s nádory metodou NGS, či hodnocení imunologického profilu pacientů pomocí flowcytometrie. e) Díky výše uvedenému významně přispět ke stavu vědění na téma predikce úspěšné TFR. f) Realizovat unikátní, dosud neprovedenou, vysazovací studii v celonárodním měřítku díky účasti všech center vysoce specializované hematologické péče v ČR. g) Potvrdit účinnost a bezpečnost postupné a ve svém důsledku výrazné redukce dávky TKI jako pro většinu pacientů přijatelné a optimální alternativy úplného vysazení. h) Snížit ekonomické výdaje jak na samotnou léčbu (díky vysazení a/nebo redukci dávky TKI), tak na řešení situací souvisejících s NÚ terapie (díky snížení výskytu a/nebo závažnosti projevů syndromu z vysazení TKI či snížení výskytu a/nebo závažnosti NÚ samotné terapie po redukci její dávky).