AZV NU21-07-00225 „Spektrum somatických mutací detekovaných NGS a jejich souvislost s prognózou a léčebnými výsledky dospívajících a mladých dospělých pacientů s Ph pozitivními leukémiemi“ (2021-2025)
Cílem projektu je komplexně analyzovat genom na přítomnost somatických mutací, identifikovat místa častých vzniků mutací a stanovit mutační spektrum spojené se špatnou prognózou a odpovědí na léčbu u adolescentních a mladých dospělých (AYA) pacientů s CML a Ph+ ALL. Do studie budou zahrnuty i dětští a dospělí pacienti k vyšetření podobností a rozdílů s biologií zmíněných leukemických onemocnění u AYA.
GAČR 18-18407 „Epigenetické, genetické a molekulární faktory potřebné pro mutagenezi onkogenu BCR-ABL1 v průběhu léčby Ph pozitivních buněk inhibitorem tyrosinkináz“ (2018-2021)
Předmětem řešení projektu je identifikace genetických, epigenetických a environmentálních mechanismů potřebných pro mutagenezi v kinázové doméně BCR-ABL1 a v dalších onkogenech u buněčných linií a primárních buněk CML vystavených působení imatinibu.
Studujeme hypotézu, že rozvoj mutací (nesoucích rezistenci k léčbě) v kinázové doméně BCR-ABL1 a v dalších onkogenech není pouhou selekcí a expanzí již existujících premutovaných klonů, ale jde o proces získání mutací de novo vyžadující deregulaci molekulárních mechanismů buněčné reakce na poškození DNA a jejích oprav.
AZV 15-31540A „Molekulární detekce chronické myeloidní leukémie pomocí pacient-specifické fúze genu BCR-ABL1: dopad na efektivitu léčby“ (2015-2018)
Předmětem řešení projektu je molekulární detekce chronické myeloidní leukémie prostřednictvím kvantifikace pacient-specifických fúzí genu BCR-ABL1 na DNA úrovni. Cílem je získat přesnější informaci o průběhu CML v určitých fázích léčby inhibitory tyrozinových kináz (TKI) než umožňuje standardní monitorování hladiny BCR-ABL1 transkriptu.
Budeme studovat hypotézu, že hladina BCR-ABL1 pozitivních buněk v době diagnózy a časně po zahájení léčby stratifikuje pacienty, kteří na zvoleném TKI dosáhnou stabilní hluboké molekulární odpovědi, a pacienty, kteří jsou v riziku selhání stávající léčby a kteří mohou profitovat z její časné změny.
Předpokládáme, že zcela klíčovou roli pak bude mít kvantifikace BCR-ABL1 na úrovni DNA u pacientů v hlubokých molekulárních odpovědích, u kterých je léčba TKI vysazována.
Projekt svým řešením přispěje k personalizaci terapie díky pacient-specifické molekulární diagnostice s předpokládaným příznivým socioekonomickým dopadem v léčbě CML.
MŠMT- 32267/2015-1 „Studium epigenetických faktorů a tumor-supresorových genů regulujících onkogenní signální dráhy na modelech leukemické hematopoézy“ (2015 – 2017)
Účelem projektu je podpora mezinárodní vědecké spolupráce mezi Ústavem hematologie a krevní transfuze, Praha a Marlene and Stuart Greenebaum Cancer Center, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, USA na řešení projektu týkajícího se základního výzkumu epigenetických faktorů a tumor-supresorových genů regulujících signální dráhy na modelech leukemické hematopoézy.
Projekt podporuje efektivní řešení vytyčených cílů, založené na vzájemně výhodné spolupráci mezi pracovišti, např. provádění analýz se zavedenými technologiemi na jednom či druhém pracovišti.
Projekt umožňuje plně rozvinout spolupráci českého výzkumného ústavu s renomovaným světovým pracovištěm provádějícím základní výzkum v oblasti hemato-onkologických onemocnění.
IGA MZ ČR NT1389 „Sekvenování nové generace jako nástroj personální medicíny u pacientů s MDS a CML“ (2011-2015)
Hlavní cíl:
využití technologie založené na principu masivního paralelního sekvenování na přístroji nové generace k detekci mutací a polymorfismů, které predikují úspěšnost léčby u pacientů s myelodysplastickým syndromem (MDS) a chronickou myeloidní leukemií (CML);
U pacientů s CML je cílem detekovat mutace v kinázové doméně BCR-ABL1 v ultranízkých hladinách krátce po zaléčení imatinibem (IM) a před převedením na léčbu tyrosin kinázovými inhibitory 2. řady a zjistit souvislosti s rizikovostí rozvoje rezistence na IM či zvolenou léčbu dasatinibem a nilotinibem;
dalším úkolem je zjistit asociace mezi odpovědí na léčbu a polymorfismy či mutacemi především v promotorových oblastech genů superrodin kódující influxové (SLC) a efluxové (ABC) buněčné transportéry léků.
IGA MZ ČR NT11555 „DNA fingerprinting u chronické myeloidní leukémie“ (2010 - červen 2015)
Hlavní cíl:
vytvořit pomocí metody AFLP (amplifikace fragmentů délkových polymorfismů) unikátní DNA fingerprinty související s CML, s odezvou na léčbu a s lékovou rezistencí;
získané DNA profily CML korelovat se známými patofyziologickými znaky;
nalézt společný AFLP marker/y CML, zjištěné markery charakterizovat a identifikovat nové genetické faktory přispívající k patogenezi CML či rezistenci k léčbě.
Sekundární cíle:
ultrahluboká detekce mutací v kinázové doméně BCR-ABL1;
ultracitlivá amplikonová resekvenace pomocí sekvenování nové generace, vyhodnocení přínosu pro klinickou praxi;
charakterizace specifické přestavby BCR-ABL1 na úrovni DNA pro potřeby monitorování minimální reziduální nemoci.
Institucionální záměr ÚHKT
V rámci institucionálního záměru naše laboratoř řeší tyto vytyčené výzkumné směry:
a. Studium regulačního vztahu mezi molekulami miR-150, MYB a BCR-ABL1 v patogenezi CML (ve spolupráci s prof. Tomášem Stopkou, BIOCEV; prof. Danilem Perrottim, University of Maryland, Baltimore, USA)
Studujeme, zda hladiny mikroRNA miR-150 v hematopoetických kmenových a progenitorových buňkách (HSPC) CML regulují na MYB závislou aktivitu onkogenních drah.
Domníváme se, že tento mechanismus může ovlivňovat rezistenci HSPC chronické myeloidní leukémie k TKI a současně s poškozenou kontrolou závislou na p53 regulovat transformaci z chronické fáze do blastického zvratu CML.
b. Studium mechanismu rozvoje rezistence vůči inhibitorům tyrozinových kináz (ve spolupráci s Dr. Ondřejem Tomanem a Doc. Danielem Vyoralem; s laboratoří CLIP FN Motol; Prof. Peterem Valentem, Internal Medicine I, Medical University of Vienna, Vídeň)
Studujeme mechanismy rezistence, které si BCR-ABL1 pozitivní buněčné linie CML vytváří při vystavení účinku inhibitorů tyrozinových kináz.
Cílem je pochopit mechanismus rozvoje mutací v kinázové doméně BCR-ABL1 a zjistit možnosti genetické nebo/a epigenetické predispozice k rozvoji tohoto typu rezistence vůči léčbě inhibitory tyrozinových kináz u pacientů s CML.
