IGA MZd NT 13847-4

Diagnostický a prognostický význam vybraných microRNA pro myelodysplastický syndrom

2012 – 2015

Předešlé analýzy genové exprese vedly k identifikaci několika miRNA (miR-34a, miR-224, miR-10a, miR-10b, miR-126, rodina miR-181, miRNA z tzv. “commonly deleted region”, klastr miRNA na 14q32, miR-29b), jejichž hladina se mění u pacientů s myelodysplastickým syndromem (MDS) v průběhu onemocnění či jeho léčby. Domníváme se, že tyto molekuly mohou být asociovány s vznikem či progresí onemocnění. Cílem navrhovaného projektu bude ověření využitelnosti těchto miRNA jako molekulárních markerů pro monitorování pacientů s MDS (metodou kvantifikace transkripce miRNA pomocí qRT-PCR) a dále jejich studium v in vitro systému.

AZV 17-31398A

Dlouhé nekódující RNA u myelodysplastického syndromu: klinický význam a implikace pro patogenezi

2017 – 2020

Doc. Ing. Jiří Kléma, Ph.D., FEL ČVUT Praha

Dlouhé nekódující RNA (lncRNA) regulují diferenciaci krevních buněk na mnoha úrovních a jejich abnormální exprese tak přispívá k různým hematopoetickým onemocněním. LncRNA se mohou ukázat jako významné diagnostické a prognostické markery přispívajícími k včasné detekci progrese MDS a zlepšení přežití pacientů, či se mohou v budoucnu stát potenciálními terapeutickými cíli. V navrhovaném projektu budou prováděna celogenomová vyšetření hladin lncRNAs u pacientů s MDS a srovnání expresních profilů mezi různými skupinami pacientů s cílem najít lncRNAs s výrazně odlišnými hladinami a potenciálním využitím v diagnostice MDS. Protože znalosti o jednotlivých lncRNA jsou často limitovány na pouhou anotaci transkriptu, budou v rámci projektu dále studovány příčiny, role a důsledky deregulovaných lncRNA pro patogenezi MDS pomocí experimentálních a výpočetních přístupů.

AZV 16-33617A

Využití high-throughput technologií pro screening cirkulujících plasmatických mikroRNA u myelodysplastického syndromu

2016 – 2019

Cirkulující mikroRNA (miRNA) jsou nové perspektivní semi-invazivní molekulární markery nádorů různých tkání. O jejich deregulaci u myelodysplastického syndromu (MDS) není známo mnoho informací. V současnosti je diagnostika MDS založena na morfologickém průkazu dysplázie v kostní dřeni. V navrhovaném projektu chceme využít sekvenování nové generace pro screening cirkulujících miRNA v krevní plazmě pacientů s MDS. Studiem profilů plasmatických miRNA i) u neléčených pacientů s odlišnými subtypy onemocnění, ii) v různých kategoriích rizika a iii) u pacientů v průběhu léčby chceme vytipovat cirkulující miRNA, jejichž hladina je asociovaná s průběhem choroby. Celogenomová analýza, po které bude následovat validační fáze na úrovni jednotlivých vybraných miRNA pomocí digitálního PCR, si klade za cíl nalézt nové semi-invazivní molekulární markery vhodné pro monitorování pacientů s MDS a tím v důsledku přispět k prevenci progrese onemocnění, zvýšení přežití a zároveň ke zlepšení komfortu pacientů.